Pada 6 Jun 1976, 11 penumpang termasuk ketua menteri pertama Sabah, Tun Fuad Stephens, dan beberapa anggota kabinet negeri terbunuh dalam nahas udara di Sembulan di daerah Kota Kinabalu. Pesawat yang sedang dalam perjalanan ke lapangan terbang Kota Kinabalu dari Labuan, terhempas kira-kira 30 minit selepas berlepas. Sehingga tarikh ini, punca itu tidak boleh dikenalpasti.

Pada 29 November 1995, 10 rakyat Malaysia dan 1 pekerja Filipina terbunuh dalam nahas helikopter di Samarang Seas antara 10 dan 11 pagi. Helikopter itu adalah dari lapangan terbang lama (kini Lapangan Terbang Terminal 2) ke pelantar minyak lepas pantai Petronas. Beberapa mayat mangsa belum ditemui sehingga hari ini. Punca kemalangan helikopter adalah kegagalan operasi enjin.

Pada Mac 2011, Bell 206 L4 yang dimiliki Sabah Air jatuh ke dalam hutan berhampiran Trusmadi, Sabah.[2]

Pada 11 April 2011, salah satu daripada helikopter mereka terhempas selepas terbabas semasa cuaca buruk di Sibu Townsquare Phase One. Helikopter itu membawa rombongan Timbalan Perdana Menteri kerana beliau akan menghadiri majlis lain sempena pilihan raya negeri Sarawak. Juruterbang cedera.[3] Juruterbang itu mengalami kecederaan dan meninggal dunia di Hospital Sibu, kemudian hari itu.[4]